主要从事纤毛虫原生动物的细胞发生学、分子系统学、形态分类学、（原生动物）生态学等研究。
领导团队迄今在国际主流刊物发表论文290余篇，出版专著、专集4部:《原生动物学专论》（1999）；《海水养殖中危害性原生动物》（2003）；《中国黄渤海的自由生纤毛虫》（2009）;《南极威德尔海冰层内纤毛虫区系》（1995）。
利用现代手段系统开展了海洋纤毛虫区系、分类学研究，纠正了国际间前人研究中大量的混乱和错误，包括在国际主流刊物发表了200余新目/科/属/种等新阶元。
完成了对60余种(具重要地位或不同发生类型)的细胞发生学研究、建立了21个科/属的个体发生模式、阐明了众多未明结构的起源、分化和反分化规律。
在基因树构建/分析及个体发生学研究的基础上，解答了包括游仆类、盾纤类等4个目级类群的系统发育、演化关系等国际间悬疑问题。
开展了(对我国海水养殖动物的)危害性原生动物病原学和病害学以及近岸环境中原生动物的生态学探讨，填补了国内外该领域研究的若干空白。
支撑和引领了我国现代海洋纤毛虫学这一研究领域并形成了具广泛国际影响的系列成果;培养了一批国内外具有一定竞争力的，高层次人才队伍。
